如果说一体之仁是阳明学乃至理学的基本精神，那么，紧随而来的是恶的问题、牺牲结构的问题。前者处理的是恶的起源及恶的根除问题，后者处理的是一体之仁的内在紧张问题。两个问题都是与阳明学对本体的规定（至善）联系在一起的：如果说本体是善，那么，恶又是从哪里产生的?恶的存在地位如何处理?如果说一体之仁乃是宇宙真实的存在，皆本于天地之好生之德，那么，“不仁”又是如何形成的，鸢飞鱼跃、生机畅遂的活泼景观与弱肉强食、生命的自相残杀的现实又如何“谐调”?在一体之仁的论说之中如何直面、如何化解“杀生”这一现象?对恶的辨明、对一体之仁之戕害的说明，在某种意义上构成了儒家式神义论的基本内容。