“三长制”的推行也很重要，因为这是一种为配合均田制而实行的户口管理制度。户籍管理，在任何朝代都必不可少，因为户口乃是征收赋税、征发徭役或兵役的根本依据。在没有实行“三长制”之前，北魏的户籍管理比较混乱，大量百姓变成世家大族的“荫庇”户口，他们并不登记在国家的户籍上，所以也无需承担国家的徭役赋税。这种情况对于拥有荫庇户口的地主来说，当然是好事，但是对于国家来说，则是损失。

为解决这个长期以来的社会难题，在实行均田制的第二年，即太和十年（486）二月，在重新确定户调田租标准的同时，北魏政府宣布实行“三长制”，以强化地方户籍的管理工作。具体做法如下：“初立党、里、邻三长，定民户籍。”即5家立一邻长，25家立一里长，125家立一党长。三长制成立后的第一项任务，就是整顿户籍，也就是有组织地把豪强地主荫庇的户口搜刮出来，编入国家户籍，从而成为国家控制的编户齐民。

对于那些拥有很多荫庇户口的大地主来说，三长制不是好制度，他们因此就要反对。特别是那些中原地区的世家大族，如中书令荥阳郑羲（425—492，字幼麟，司州荥阳即今河南开封人，曾任中书令、秘书监、兖州刺史等职）、秘书令渤海高祐（？—499，字子集，本名高禧，因与咸阳王元禧同名，故孝文帝赐名高祐，司空高允的堂弟）反对得最凶，他们所以坚决反对，就是因为他们都是家大业多、拥有众多荫户的大地主。不过，北魏的皇权是强大的，不像东晋皇权那样软弱可欺，再加上均田令毕竟规定了奴婢、耕牛都可以授田，对于世家大族也算是一种利益补偿，所以尽管三长制曾经遭到一些人的反对，但总体上看还还是比较顺利地推行下去了。

三长制的实行，不仅废除了北魏前期一直实行的“宗主督护制”，使得拓跋鲜卑完全摆脱了部落制的遗留而进入彻底的封建化，同时也有效保证了均田制的推行，强化了北魏地方组织的建设，从而有力地强化了北魏的皇权统治。