阿米巴组织结构设计的原则，有利于主业转型和新支柱的培育和发展；以“最大限度满足客户需求”为目标；能发挥大公司的优势并拥有小公司的灵活性；有利于公司内部培育企业家精神；高效而精简。

在阿米巴组织设计的过程中，要以内部导向转为以客户导向。企业需要建立以客户类型划分的阿米巴组织形式，尽量减少流程环节，以客户阿米巴形成“小公司”的灵活性。